کمیسیون عالی سوانح راهآهن با صدور اطلاعیهای درباره سانحه قطار مسافری مشهد – یزد علت اولیه وقوع این سانحه را بر اساس بررسی ریلی مکالمات ضبط شده مأمورین و وقایع ثبت شده در سیستمهای علائم الکتریکی، انسداد مسیر حرکت قطار مسافری توسط بیل مکانیکی و تخطی از سرعت مقرره اعلا کرد.